Penyelewengan pihak gereja juga menjadi punca perkembangan reformasi. Institusi gereja di Eropah telah bertahan hampir 1000 tahun pada Zaman Pertengahan. Namun begitu, akibat terlalu menumpukan hal-hal keduniaan, institusi gereja mendapat tentangan hebat dalam masyarakat Eropah. Gaya hidup penguasa gereja tidak selari dengan anjuran kitab Bible. Masyarakat mula mempersoalkan gaya hidup paderi yang tidak mencerminkan kehidupan keagamaan. Selain itu, masalah rasuah, penyelewengan dan sebagainya berlaku dalam institusi gereja itu sendiri. Misalnya, pihak gereja telah mengenakan cukai yang tinggi ke atas masyarakat tempatan serta memiliki kekayaan luar biasa seperti tanah yang luas.
Salah urus tadbir kewangan oleh Paus turut mempergiatkan lagi perkembangan reformasi di Eropah. Pada tahun 1514, Pope Leo X memerlukan dana untuk membiayai pembinaan gereja St. Peter. Beliau telah menggunakan cara yang salah untuk mendapatkan wang tersebut dengan menjual sijil Indulgences. Penjualan sijil ini tersebar secara meluas dalam kalangan masyarakat Eropah ekoran mereka ditanamkan kepercayaan bahawa Pope mempunyai kuasa untuk mengampunkan kesalahan dan dosa mereka. Tindakan Pope tersebut dilaksanakan menerusi perjanjiannya dengan Albert of Mainz dengan sebuah bank iaitu Fuggers of Augsburg. Bank ini ditugaskan untuk menjual sijil pengampunan, kemudian menyerahkan hasil dana yang diterima kepada Pope bagi tujuan pembinaan gereja St. Peter serta membayar hutang Albert. Salah tadbir pengurusan kewangan Pope tersebut ditentang hebat oleh Martin Luther sehinggakan beliau menulis 95 tesis bagi menentang penjualan sijil Indulgences.
Peranan yang dimainkan oleh golongan humanis juga membantu perkembangan reformasi. Golongan ini muncul sejak zaman Renaissance lagi. Golongan humanis amat memetingkan hal ehwal orang ramai dan kebahagiaan hidup di dunia. Selain tu, golongan ini juga menitikberatkan sifat manusia dari sudut manusia itu sendiri. Erasmus of Rotterdam dalam bukunya Praise of Folly telah menyelar dan mempersoalkan peranan institusi gereja terhadap kebajikan rakyat. Golongan humanis menyedarkan masyarakat Eropah mengenai ketidakadilan pihak gereja di dalam buku-buku yang dikarang mereka dengan bahasa yang kasar dan mudah difahami oleh masyarakat. Manakala Thomas More dalam bukunya bertajuk Utopia membincangkan tentang kerajaan yang sempurna dan tidak bergantung kepada institusi gereja.
