Toyotomi Hideyoshi turut dikenali sebagai Taiko (master). Pada tahun 1598 Hideyoshi memanggil 5 orang daimyo yang paling berpengaruh antaranya Tokugawa Ieyasu, Maeda Toshiie , Uesugi Kagekatsu, Mori Terutomo, dan Ukita Hideia untuk berjanji menyokong anaknya, Hideyori (umur 5 tahun) sebagai pengganti beliau. Mereka bersetuju dan menjadi 5 Tairo (Majlis Pemangku Pemerintah). Ishida Mitsunari, seorang ahli Bugyo (Lembaga Peringkat Bawahan Pemangku Pemerintah) merupakan antara penentang kepada Ieyasu. Selepas kematian, Hideyoshi pada September 1598, Ieyasu mengambil langkah memperkukuhkan kedudukannya di Fushimi Castle, kubu pertahanan peribadi Hideyoshi. Keadaan ini menyebabkan Ieyasu dianggap sebagai ancaman oleh ahli Tairo dan Bugyo yang dilihat cuba mengambil alih peranan pewaris Hideyoshi. Antara kelebihan Ieyasu ialah beliau memiliki keupayaan menjalin hubungan berbentuk kesetiaan dengan penyokong-penyokong baharu, kaya dari segi ekonomi, serta memiliki sokongan daripada golongan daimyo berpengaruh. Antara strategi lain Ieyasu bagi memperkukuhkan kedudukan ialah bertindak mengahwinkan beberapa anaknya dengan golongan berpengaruh di Jepun bagi membentuk kekuatan sekutu ketenteraan.
Ishida Mitsunari merancang untuk melemahkan kedudukan Ieyasu dengan mengumumkan peperangan terhadapnya. Salah seorang daripada daimyo merangkap Tairo iaitu Uesugi Kagekatsu yang setia kepada Hideyoshi turut tidak menyenangi Ieyasu dan menzahirkan sokongan terhadap Mistunari. Pembinaan istana di Aizu oleh Kagekatsu pada 22 Ogos 1600 menyebabkan Ieyasu merancang penentangan terhadap Kagekatsu ekoran dilihat mencabar kedudukan Ieyasu yang berhasil mengukuhkan kuasa di Istana Osaka sebagai pelindung Hideyori. Mitsunari mengambil peluang ini dengan merancang melakukan serangan terhadap Tokugawa dan penyokongnya dari arah Barat Sekigahara (sebuah kawasan perkampungan di lembah pergunungan). Sungguhpun demikian, Ieyasu yang terkenal dengan kebijaksanaan strategi peperangan, turut memberi tumpuan untuk menentang kumpulan Mitsunari di Sekigahara dari arah timur.
Ieyasu mendapat sokongan serta bantuan daripada majlis yang dibentuknya di Koyama terdiri dalam kalangan daimyo seperti Fukushima, Kuroda Nagamasa, Hosokawa dan Asano. Pada 21 Oktober 1600 Ishida Mitsunari (mewakili tentera-tentera daimyo dari Barat) melancarkan peperangan terhadap Ieyasu (mewakili tentera-tentera daimyo dari timur) di Sekighara. Tokugawa berpandangan serangan di bahagian barat Sekigahara perlu dirancakkan oleh sekutunya seperti Date, Mogami, Satake dan Maeda bagi menentang Ishida Mitsunari. Tentera-tentera yang berpihak kepada Ishida Mitsunari adalah dalam kalangan daimyo Shimazu, Konisha, Ukita, Ogawa dan lain-lain. Kemenangan di Sekigahara berpihak kepada Tokugawa Ieyasu. Kagekatsu yang menyedari kemenangan tersebut kemudiannya turut mengambil pendirian berpihak kepada Tokugawa Ieyasu. Kemenangan Ieyasu dalam pertempuran Sekigahara juga didorong oleh bantuan saat akhir Kobayakawa Hideaki (sepupu kepada isteri Toyotomi Hideyoshi) yang bertindak berpaling tadah daripada kumpulan Mitsunari. Mitsunari kemudiannya melarikan diri, namun berhasil ditangkap oleh tentera Ieyasu serta dihukum mati. Ieyasu kemudiannya melantik diri beliau sebagai Shogun Tokugawa pertama tahun 1603. Meskipun Maharaja masih menduduki lapisan tertinggi sebagai ketua negara, urusan pemerintahan Jepun zaman feudal terletak pada peranan yang dimainkan oleh Tokugawa dan pewarisnya selama 250 tahun.
Jelasnya, Tokugawa Ieyasu merupakan samurai merangkap daimyo terkemuka yang menjadi pelengkap kepada penyatuan wilayah-wilayah Jepun selepas usaha tersebut turut dilakukan Nobunaga dan Hideyoshi. Kesetiaan yang diterima Ieyasu daripada penyokongnya dan kekuatan tentera yang dimilikinya membolehkan Ieyasu berhasil membentuk legasi bakufu atau pemerintahan berasaskan sistem ketenteraan dari tahun 1603 hingga 1867.
