Ahli arekologi menghadapi kekangan dalam menentukan secara tepat bentuk kepercayaan yang diamalkan oleh masyarakat prasejarah. Sungguhpun demikian, kewujudan peninggalan masyarakat prasejarah seperti tempat pengebumian dapat memberi serba sedikit gambaran atau perspektif terhadap kepercayaan masyarakat prasejarah. Kebanyakan kawasan pengebumian mereka dijumpai dalam keadaan diletakkan alat-alat seperti kapak, beliung, perahu dan sebagainya. Mereka beranggapan bahawa akan ada kehidupan selepas mati serta wujud satu alam yang lain.
Kepercayaan masyarakat prasejarah dikaitkan dengan kepercayaan utama iaitu animisme dan dinamisme. Kedua-dua kepercayaan ini diadaptasi dalam kehidupan masyarakat awal sebelum kedatangan pengaruh India di Asia Tenggara. Animisme adalah satu kepercayaan kepada roh iaitu benda bernyawa atau tidak mempunyai roh. Manakala dinamisme adalah kepercayaan kepada wujudnya kekuatan atau “mana” di persekitaran mereka sebagaimana dinyatakan oleh S. Wojowasito. Semakin banyak “mana”, semakin berbahaya sesuatu keadaan menurut kepercayaan masyarakat prasejarah.
Di samping itu, pelbagai upacara ritual dilakukan untuk memuja “semangat-semangat” alam. Mereka memuliakan “semangat-semangat” ini kerana dianggap penting dalam segala aspek kehidupan terutamanya dari segi aktiviti pertanian supaya hasilnya lebih berkualiti. Jika upacara yang dilakukan tidak lengkap atau kurang, nasib malang akan melanda mereka. Seterusnya, perkembangan kepercayaan masyarakat awal Asia Tenggara mula beralih kepada kepercayaan yang “lebih berkuasa’ iaitu roh nenek moyang (Hyang). Kepercayaan ini boleh dilihat pada zaman Neolitik yang membentuk budaya megalitik. Kebudayaan megalitik merujuk kepada penggunaan batu besar dalam kehidupan masyarakat prasejarah. Antara jenis batuan megalitik ialah menhir iaitu batuan menegak dan dolmen iaitu batuan-batuan yang disusun atur membentuk meja bagi tujuan penyembahan Hyang. Selain itu, batu-batu megalit turut digunakan di kawasan upacara-upacara korban.
Kepercayaan Hyang ini menjadi lebih kompleks apabila memasuki zaman Logam dimana roh keluarga dipercayai menjadi pelindung terhadap sesebuah keluarga. Terdapat beberapa upacara untuk memuja roh-roh ini iaitu melalui nyanyian pujian, sajian dan tarian. Upacara pemujaan kebiasaanya dijalankan pada waktu malam. Di samping itu, pemujaan ini turut dijalankan dengan persembahan wayang kulit sepertimana pertunjukan wayang yang boleh didapati di Jawa. Perjumpaan gendang Dongson turut membuktikan ritual yang dilakukan oleh masyarakat zaman Logam bersifat harian berdasarkan lakaran motif dan hiasan pada gendang tersebut. Pertunjukan ini dikatakan bermula sekitar 2000-1500SM. Pemujaan ini juga bertujuan untuk mengelakkan malapetaka dalam sesebuah kawasan seperti bencana alam bagi mengekalkan keharmonian alam.
